Исследователи анализируют болезнетворные белки в рекордно короткие сроки
Корпорация IBM сообщила о том, что исследователи из научно-технического университета ETH Zurich и компании CloudBroker, которая специализируется на высокопроизводительных решениях для cloud-сред, сотрудничают с IBM в использовании технологии облачных вычислений для проведения инновационных исследований, направленных на разработку новых антибиотиков для борьбы с болезнями.
По данным Всемирной организации здравоохранения, число устойчивых к антибактериальным препаратам патогенных микроорганизмов резко возрастает, препятствуя лечению туберкулеза, малярии и других распространенных сегодня заболеваний, вызванных разнообразными бактериями. Исследование бактериальных белков приобретает все большую важность, поскольку понимание сложной структуры составных элементов бактерий может играть ключевую роль в установлении рисков и определении лекарственных веществ, которые могут бороться с устойчивыми бактериями.
Применяя платформу SmartCloud Enterprise от IBM и решение для управления очередями и данными от CloudBroker, исследователи из Института молекулярной биологии (Institute of Molecular Systems Biology) при ETH Zurich смогли установить около 250 потенциальных факторов вирулентности - или молекул, выделяемых бактериями, вирусами, грибками, плесенью или простейшими микроорганизмами и, затем, размножающихся в организме человека - и создать около 2,3 млн. трехмерных моделей с помощью почти 30 тыс. пакетов данных для изучения функций этих опасных возбудителей болезней.
Используя IBM Smart Cloud Enterprise, команда ученых получила доступ к почти 250 тыс. машинным часам вычислительной работы, обеспечиваемой, в целом, 1000 параллельными процессорами для проведения исследований структуры специфических белков, обнаруженных в бактерии стрептококка, которая обычно вызывает у людей острый фарингит (стрептококковое воспаление горла).
Программное обеспечение с открытым исходным кодом под названием Rosetta, которое позволяет прогнозировать и проектировать белковые структуры, механизмы сворачивания белков и <белок-белковые> взаимодействия, было также развернуто в среде облачных вычислений. Благодаря применению этих разнообразных технологий, предоставленных IBM и CloudBroker, исследователи смогли проанализировать огромный массив данных в течение двух недель. Без использования технологий IBM для облачных вычислений, эта работа заняла бы несколько месяцев.
<Для проведения наших экспериментов нам нужна очень высокая вычислительная мощность в короткие периоды времени, - пояснил доктор Ларс Мальмстрем (Lars Malmstrom), ведущий исследователь из ETH Zurich. - Технология облачных вычислений позволяет зарезервировать эту вычислительную мощность всякий раз, когда исследователи в ней нуждается, и она будет доступна очень быстро. Командам ученых нет необходимости устанавливать или обслуживать соответствующие вычислительные системы и, поэтому, они могут сосредоточиться на своих исследованиях>.